その中､1984年に創設された｢複合耐久種目全国協議会｣が1985年の｢全国ﾄﾗｲｱｽﾛﾝ競技会｣を経て1986年に成立した｢日本ﾄﾗｲｱｽﾛﾝ協会｣(JTA)（会長：清水仲治^[1]）と､1985年に長嶋茂雄^[2]を会長として発足した｢日本ﾄﾗｲｱｽﾛﾝ連盟｣(JTF)の2つが全国組織として運営され､併存状態が続いた｡

1989年に｢国際ﾄﾗｲｱｽﾛﾝ連合｣(ITU)が発足し､日本からは暫定国内統一団体として｢日本ﾄﾗｲｱｽﾛﾝ委員会｣(JTC)が加盟した後､1993年5月に｢日本ﾄﾗｲｱｽﾛﾝ連合設立準備委員会｣が発足し､同年6月には｢日本学生ﾄﾗｲｱｽﾛﾝ連合｣(JUTU)が設立された｡1994年4月16日に｢日本ﾄﾗｲｱｽﾛﾝ連合｣(JTU)が発足し､初代会長に猪谷千春^[3]､理事長に佐々木秀幸^[4]､事務局長に大塚眞一郎^[5]が就任した^[6]JTUは日本体育協会（2018年4月から日本ｽﾎﾟｰﾂ協会）と日本ｵﾘﾝﾋﾟｯｸ委員会(JOC)に準加盟が認められ､同年9月には国際ｵﾘﾝﾋﾟｯｸ委員会(IOC)総会で2000年ｼﾄﾞﾆｰｵﾘﾝﾋﾟｯｸからﾄﾗｲｱｽﾛﾝがｵﾘﾝﾋﾟｯｸの正式種目として開催される事が決定した｡

その後もJTUの組織整備は進められ､1998年3月には体協､1999年10月にはJOCへの正式加盟が認められた｡1999年7月には文部省管轄の社団法人として認定された｡2009年､JTU設立以来15年間会長を務めた猪谷が名誉会長に退き､新会長に参議院 議員の岩城光英^[7]が就任した｡