2000年にはバスケットボール日本リーグ機構(旧JBL)がプロ化を見据え、スーパーリーグを開始。また、同年には日本初のプロ球団である新潟アルビレックス(現・新潟アルビレックスBB)が誕生し、2002年にはスーパーリーグ参戦を果たした。
しかしながら日本バスケットボール協会内部や実業団の間ではプロ化への反対を唱える者が多く、進展しなかった。
これに業を煮やした新潟とスーパーリーグの下部に位置する日本リーグに所属するさいたまブロンコス(現・埼玉ブロンコス)は2004年に日本協会及び旧JBLからの脱退と初のプロリーグである日本プロバスケットボールリーグ(bjリーグ)の設立を発表。2005年に6球団で開幕した。
一方の旧JBLもbjリーグに対抗するべくこれまでのスーパーリーグを改組し、日本バスケットボールリーグ (JBL)を2007年より開始した。だが、リーグ構成はプロクラブと実業団の混成であり、完全なるプロリーグとはならず、その結果、プロ志向の強いオーエスジーフェニックス東三河(現・三遠ネオフェニックス)が1シーズン限りでbjリーグへ転籍した。JBLでは選手の契約内容によって登録I種と登録II種に分けており、プロ契約は登録I種に属しているが全員がプロではなく、嘱託選手や学生なども含まれていた。
JBLは2013年にナショナル・バスケットボール・リーグ(NBL)へ改組されるもbjリーグと統合は実現に至らずプロアマ混合は変わることはなかったが、発足時12チーム中半数を超える7チームがプロクラブとなった。
2016年にNBLとbjリーグの統合が実現し、本格的なプロリーグたるジャパン・プロフェッショナル・バスケットボールリーグ(Bリーグ)が始動した。